본사를 지방으로 옮기면 법인세를 깎아주는 혜택이 특정 기업에 지나치게 쏠렸다는 감사원 지적이 나왔다.

감사원은 지난해 10∼12월 기획재정부와 국세청 등을 대상으로 벌인 조세지출제도 운영실태 감사 결과를 26일 공개했다.

조세지출이란 비과세·감면이나 세액공제 등을 통한 세제 지원이다. 수도권 본사를 지방으로 옮기면 법인세를 7년간 전액, 이후 3년간 50% 깎아준다.

감사원이 2015∼2018년 이 제도를 통해 법인세를 감면받은 법인 251곳(공공기관 제외)을 분석한 결과 전체 지원액(8361억원) 중 91%인 7041억원이 한 소프트웨어 업체와 도소매 업체 등 2곳에 집중됐다. 해당 업체의 이름은 공개되지 않았다.

감사원은 첫 7년간 법인세를 전액 감면하는 부분도 지나친 혜택이라고 지적했다.

그러면서 제주첨단과학기술단지를 비교사례로 들었다. 이 단지 입주기업은 누적 투자액의 50%와 상시근로자 1인당 1500만원을 합한 금액이 법인세 감면 한도다. 반면 이번에 감사원이 들여다본 법인 중 8곳은 지방이전 인원 1명당 법인세 감면액이 연간 1억원 이상이었다.

감사원은 기재부가 조세지출 직전연도 실적과 다음연도 추정 규모 등을 담아 국회에 제출하는 조세지출예산서의 항목이 들쑥날쑥하다는 점도 지적했다. 조세지출에 해당하지 않는 ‘연금보험료공제’나 ‘연금계좌세액공제’ 등의 항목도 이 예산서에 포함, 2018년 기준으로 총액 중 18%(3조8654억원)가 과다 산정됐다고 밝혔다.

이범수 기자 bulse46@seoul.co.kr